Clarinette solo à l’Orchestre de Paris depuis 1981, Pascal Moraguès poursuit parallèlement une brillante carrière de soliste. Il s'est notamment produit sous la direction de Daniel Barenboïm, Pierre Boulez, Semyon Bychkov, Carlo Maria Giulini, Zubin Mehta, Wolfgang Sawallisch, Emmanuel Krivine, Frans Brüggen et Yuri Bashmet.
Partenaire de musique de chambre très sollicité, il est membre du Quintette Moragues et du Victoria Mullova Ensemble.
On le retrouve également aux côtés de Katia et Marielle Labèque, Christian Zacharias, Christophe Eschenbach, Pascal Rogé, Pierre-Laurent Aimard, Schlomo Mintz, Joshua Bell, Gary Hoffman, Dame Felicity Lott, les trios Wanderer et Guarneri, et les quatuors Borodine, Leipzig, Belcea, Jérusalem, Prazak, Sine Nomine, Carmina, Amati, Fine Arts et Vogler, ainsi que de l'Orchestre de Chambre d'Europe.
Il apparaît régulièrement au programme des institutions musicales internationales les plus prestigieuses, telles que le Wigmore Hall de Londres, le Konzerthaus de Vienne, le Konzerthaus de Berlin, le Carnegie Hall de New York, le Kennedy Center de Washington, le Théâtre des Champs-Élysées et le Théâtre du Châtelet à Paris, ainsi que dans les grandes séries et festivals d'Europe, du Moyen-Orient, des États-Unis, d'Australie et du Japon où il est invité chaque année.
Pascal Moraguès est professeur au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris depuis 1995, et depuis 2017, à l'HEMU – Haute École de Musique.
Il est également Guest Professor au Royal College of Music de Londres et au College of Music d’Osaka, au Japon. Il donne également de nombreuses masterclasses à travers le monde.
Il a enregistré une vingtaine de disques, salués unanimement par la presse internationale.
En 1995, Sviatoslav Richter a choisi le Quintette Moraguès pour l’enregistrement du Quintette pour piano et vents de Beethoven, paru chez Philips.
En 2007, Pascal Moraguès a été nommé Chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres par le ministre de la Culture et de la Communication de la République française.