Après un diplôme d’enseignement primaire, Pierre-François Coen poursuit sa formation à l’Université de Fribourg, où il obtient une licence en 1994, puis un doctorat en Sciences de l’éducation en 2000. Parallèlement à cela, il étudie au Conservatoire de Fribourg, où il obtient, en 1992, un Master d’enseignement de la musique dans les gymnases et les écoles (DMG).
De 1986 à 1996, il enseigne la musique dans les classes enfantines et primaires de Marly tout en occupant différents postes à l'université et à l’École normale cantonale de Fribourg. De 2003 à 2015, il dirige le Service Recherche et Développement de la Haute école pédagogique de Fribourg, puis prend la direction de l’Institut romand de pédagogie musicale de 2015 à 2017.
Actuellement, il dirige l’Unité de recherche EVIDENS (évaluation – identité – enseignement) à la Haute école pédagogique et partage la responsabilité du Centre CRE/ATE (centre de recherche sur l’enseignement et l'apprentissage avec les technologies numériques) de cette même institution. Il assure des cours à l‘Université de Fribourg (évaluation scolaire et différenciation) et à l'HEMU – Haute École de Musique (pédagogie instrumentale et pratiques de recherche en éducation musicale).
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